La Scala Naturae è trasformata da Lamarck in una catena di esseri sempre in moto verso l'alto, verso la perfezione, guidati sia da una legge naturale di progressione finalistica, sia da un saggio creatore. Questo finalismo è la componente più importante della sua teoria evolutiva, che si articola attraverso una scarsa attenzione alla creazione di diversità (le pressioni ambientali generano cambiamenti ereditabili, uso-non uso) e maggiore attenzione invece al processo adattativo. L'adattamento, l'occupazione di spazi , si sovrappone al movimento verticale della progressione finalistica. Non c' è interesse per la speciazione, non è necessario un antenato comune, ci possono essere filoni evolutivi paralleli frutto di generazione spontanea .Questo avvia una tradizione verso l' anatomia comparata, la paleontologia e la biologia sperimentale ed in genere un approccio riduzionista permanente verso i problemi delle scienze della vita.

L' intuizione rivoluzionaria per il pensiero scientifico è la possibile comparsa di nuove strutture biologiche nella storia delle specie.
Già Kant si era reso conto del conflitto tra l' apparente direzione verso uno scopo dei fenomeni biologici e il desiderio di spiegarli in termini meccanici. Nella Critica del giudizio afferma che nessuna spiegazione in natura sia di sviluppo che di comportamento dei viventi è completa senza l' evidenza di un disegno, inoltre questi fenomeni teleologici non si possono spiegare con cause puramente meccaniche arrivando alla conclusione che la spiegazione era fuori portata per lui , si accontentò perciò di considerare i viventi come progettati con uno scopo. Tutto ciò fu scritto nel 1790, 19 anni prima di Lamarck e 69 prima di Darwin.
Nel 1859 Darwin propone con L' origine delle specie la sua teoria che può essere schematizzata: insorgenza spontanea della diversità dei caratteri specifici e selezione naturale. Per Darwin se c'è progresso è esclusivamente dovuto all'opera della selezione naturale, l'impostazione è nettamente antifinalistica

Marx scrive ad Engels: " Darwin ha per la prima volta portato un colpo mortale alla teleologia nelle scienze naturali" (biologiche). La fede nel finalismo rimase molto popolare anche dopo Darwin , anzi fu proprio il finalismo il maggior motivo di contrasto ideologico con il darwinismo. Nella evoluzione biologica c'è un aspetto dualistico: cambiamento nell'adattamento e cambiamento nella diversità delle popolazioni. Se Lamarck non presta attenzione alla diversità bensì al processo adattativo , Darwin fin dai primi studi è attento alla diversità e alla sua origine, alla evoluzione non solo lineare, alle discontinuità nuove in natura. (Fourier)
La comparsa di variazioni è casuale, la selezione agisce su base statistica, non deterministica. Il numero di variazioni deve essere enormemente superiore di quelle destinate a successo. Ipotesi connessa è un antenato comune a tutti i viventi
Novità significative del pensiero di Darwin:

• Specie: prima di Darwin veniva definita per via logica come presenza/assenza di caratteri per analogie o differenze strutturali, dopo Darwin viene definita come gruppo di popolazioni naturali attualmente o potenzialmente interfeconde, riproduttivamente isolate: è un concetto di relazioni .

Ad esempio possiamo prendere il Larus Argentatus , gabbiano delle coste nord circumpolari: dalla sponda atlantica europea verso oriente le popolazioni sono interfeconde con le vicine, ma agli estremi non più. Dal punto di vista evolutivo l'isolamento è la fase finale della speciazione, le varietà sono specie incipienti.
• Carattere : Darwin usa il termine in senso generico senza darne spiegazione. Mendel , che per primo applica alla biologia i metodi matematici, fornisce alla teoria di Darwin, che non viene mai a conoscenza della teoria mendeliana, gli strumenti per capire caratteri e variazioni, oltre alla loro ereditarietà = sintesi neodarwinista o teoria sintetica. Per Mendel i fattori, geni sono non modificabili se non per mutazione.
• Casualità nella variazione le variazioni sono casuali in quanto non regolari e senza direzioni privilegiate, non concatenabili con eventi precedenti se non storicamente
• Pensiero popolazionale i viventi non sono classi di unità identiche come le molecole di un gas, sono unici, i gruppi unici, le popolazioni differenti, non esistono valori tipo se non come astrazione, viene rivalutata la qualità (considerata dai riduzionisti stretti valida solo in ambito descrittivo) e questo è un paradosso per una teoria riduzionista.
• Applicazione del metodo ipotetico deduttivo nella elaborazione di una teoria che per la sue stesse assunzioni dichiara il futuro non prevedibile La teoria è essenzialmente indeterministica.